6 czerwca 1794 doszło do bitwy pod Szczekocinami. Siły polskie liczyły 16 batalionów, 47 szwadronów i 33 działa oraz ponad 15 tysięcy żołnierzy. Natomiast wojska prusko-rosyjskie określa się na ponad 27 tys. żołnierzy i 134 działa. Polska bateria 6-działowa zajęła pozycje przy lasku, asekurowana z tyłu przez Regiment Grenadierów Krakowskich płk. Jana Krzyckiego, wśród których znajdował się również i Wojciech Głowacki. O wiele mniejsze siły polskie poniosły klęskę. Straty w ludziach ocenia się na ok. 1200 zabitych i rannych. Wśród 346 poszkodowanych, których dzięki niebywałym wysiłkom wyniesiono z pola bitwy był Wojciech Bartosz Głowacki. Jego stan okazał się jednak bardzo ciężki i nie udało się go uratować.
Data jego śmierci nie jest jednoznacznie określona. Uznaje się, iż nastąpiła między 6 a 9 czerwca 1794. Według towarzyszy z pola bitwy Bartosza, Dominika Paprockiego z Polikarpic i Jana Sadowskiego z Polanowic, zginął on „śmiertelnie plejzerowany” na polu bitwy. Lecz nie byli oni przy tym pewni, co świadczy po ich zastrzeżeniach, że nic nie wiedzą o jego pogrzebie. Oświadczenie to złożyli w 1810, aby wystawić urzędowe świadectwo śmierci Wojciecha Głowackiego, potrzebne do zamążpójścia jego najmłodszej, niepełnoletniej (16 lat) córce, Justynie.