Podobnie jak w Deus Ex, tak też w kontynuacji do dyspozycji gracza oddano wiele rodzajów broni, którą również można ulepszać za pomocą modyfikacji.
Odbiór Jeszcze przed premierą podczas branżowych targów gra dostała kilka wyróżnień m.in.: Nominacja do najlepszej gry RPG targów E3 2002 (Best Role Playing Game) Nominacja do najlepszej gry targów E3 2003 (Best Role Playing Game) Nominacja do najlepszej gry na PC targów E3 2003 (Best PC Game)
Deus Ex: Invisible War najpierw została wydana w USA. Okazała się na tyle niedopracowana, że wydawca Eidos Interactive ogłosił, iż wersję z Ameryki należy uznać za Betę. Europejczycy mieli dostać finalny produkt.
Przez graczy gra została chłodno przyjęta z powodu szeregu uproszczeń w stosunku do poprzednika – m.in. brak punktów doświadczenia, zróżnicowanej amunicji, nieprzydatne nanomodyfikacje, nietrafione modyfikacje broni czy niski poziom trudności gry. Krytykowano ją za wysokie wymagania sprzętowe (m.in. konieczność posiadania karty graficznej obsługującej pixel shader w wersji 1.2) oraz małe rozmiary map.