W listopadzie 1931 przybył do Polski ks. Józef Padewski i podjął się trudnej roli konsolidowania duchowieństwa i wiernych. W styczniu 1933 ks. Józef Padewski został powołany na stanowisko przewodniczącego Rady Kościoła i administratora PNKK w Polsce. Na II Synodzie w Warszawie, zwołanym w dniach 17–19 czerwca 1935, ks. Józef Padewski został wybrany na biskupa.
Wszelkie starania o uznanie prawne nie przyniosły do 1939 pozytywnego rezultatu. Ciężką sytuację Kościoła dodatkowo pogłębiło aresztowanie w dniu 1 września 1942 bp. Józefa Padewskiego, który po uwolnieniu w 1943 wyemigrował do Stanów Zjednoczonych.
We wrześniu 1944 zwołano do Lublina zjazd duchowieństwa i wiernych wyzwolonego spod okupacji niemieckiej rejonu Polski, na którym wybrano Tymczasową Radę Kościoła. Kolejny taki zjazd odbył się 2 marca 1945 w Warszawie. Zjazd ten postanowił, że stolica diecezji polskiej PNKK zostanie przeniesiona z Krakowa do Warszawy, a Kościołem tymczasowo kierować będzie ks. Stanisław Piekarz. 26 czerwca 1945 wybrano nową Radę Kościoła, której przewodniczącym został ks. Jan Kwolek. 14 września 1945 Rada Kościoła wniosła pismo do Ministerstwa Administracji Publicznej z prośbą o prawne uznanie Kościoła, co też stało się 1 lutego 1946 roku. Normalizacja administracji kościelnej nastąpiła po powrocie do kraju 20 lutego 1946 ks. bp.