W 1942 roku Paul Rostock objął stanowisko dziekana wydziału medycznego na uniwersytecie w Berlinie.
Kariera wojskowa 1 maja 1937 roku dr Paul Rostock zapisał się do partii nazistowskiej (NSDAP - nr legitymacji 5917621), 2 lata później wybrano go na doradcę generalnego chirurga w Wehrmachcie. Następne lata przyniosły kolejne awanse dla Paula Rostocka w szczeblach kariery w SS. 20 lutego 1940 roku został członkiem Narodowo-Socjalistycznego Związku Lekarzy Niemieckich (niem. Nationalsozialistischer Deutscher Ärztebund). W 1943 roku Komisarz Generalny ds. zdrowia i opieki medycznej Karl Brandt mianował Rostocka na jego zastępcę oraz na przedstawiciela Departamentu Nauk i Badań Medycznych.
Eksperymenty medyczne Paul Rostock zaangażowany był w wiele eksperymentów w których „królikami doświadczalnymi” byli więźniowie obozów koncentracyjnych, a wśród nich m.in. więźniowie polityczni, jeńcy wojenni itp. Od grudnia 1941 do lutego 1945 roku, Rostock uczestniczył w eksperymentach z tyfusem w obozie Natzweiler-Struthof. Celem owych eksperymentów było celowe zarażenie osób, z których blisko 95% ponosiło śmierćSprawa nr 1 – Sprawa Medycyny, Doktorzy z Piekła Rodem, Viven Spitz, 2005..