Oprócz stosowania przemocy wobec zwolenników obalonego prezydenta, rząd tymczasowy ograniczył wolność mediów i dopuścił się szeregu naruszeń praw obywatelskich.
Zelaya nie pogodził się z utratą władzy i rozpoczął za granicą wysiłki dyplomatyczne, mające na celu przywrócenie go na stanowisko. Kilkakrotnie podejmował również bezpośrednie próby powrotu do Hondurasu, czemu sprzeciwiał się powołany przez Michelettiego rząd, grożąc oskarżeniem go o zdradę stanu i nadużycie władzy oraz postawieniem przed obliczem sądu. Na początku lipca 2009 Zelaya próbował dostać się do kraju drogą powietrzną, a następnie podjął się wysiłku przekroczenia granicy od strony Nikaragui. Dopiero pod koniec września zdołał niezauważony przedostać się do stolicy, gdzie schronił się w brazylijskiej ambasadzie.
Usunięcie prezydenta Zelayi zostało zgodnie potępione przez całą społeczność międzynarodową. ONZ przyjęła rezolucję wzywającą Honduras do przywrócenia Zelayi na stanowisko prezydenta i zaapelowała do swoich członków o nieuznawanie innej władzy w tym państwie. OPA na początku lipca zażądała przywrócenia prezydenta, a następnie zawiesiła Honduras w prawach członka. Oprócz gestów potępienia, społeczność podjęła wysiłki dyplomatyczne na rzecz zakończenia kryzysu.