Życiorys Stanisław Schayer był synem Antoniego Jana i Marii Ksawery z Ostrołęckich. Gdy był dzieckiem, rodzice przenieśli się z Sędziszowa do Warszawy, gdzie w 1916 ukończył gimnazjum. Studiował języki klasyczne na Uniwersytecie Warszawskim, a potem na Uniwersytecie w Heidelbergu filologię indyjską (m.in. u Brunona Liebicha i Maxa Wallesera) i filozofię (u Hansa Driescha). Na Uniwersytecie we Fryburgu studiował filozofię u Heinricha Rickerta i w 1921 obronił tam doktorat pt. Vorarbeiten zur Geschichte der Mahayanistischen Erlösungslehre. W 1924 uzyskał habilitację na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie.
Dnia 12 VIII 1925 zawarł związek małżeński w parafii św. Aleksandra w Warszawie z urzędniczką Wiktorią Elżbietą z BiesiekierskichStanisław Łoza (red.): Czy wiesz kto to jest?, s. 652, Wyd. Główna Księgarnia Wojskowa, Warszawa, 1938. W latach 1925–1928 był profesorem Gimnazjum im. Jana Zamoyskiego w Warszawie. W latach 1927–1930 wykładał jako docent, a od 1930 roku profesor Uniwersytetu Warszawskiego zagadnienia związane z kanonem palijskim, kulturą staroindyjską, kurs sanskrytu, lektorat z tekstów sanskryckich i palijskich. W 1932 został dyrektorem Instytutu Orientalistycznego UW. W 1938 został profesorem zwyczajnym filozofii indyjskiej na Wydziale Humanistycznym UW.