Przepływ roztworu przez kolumnę można wymuszać grawitacyjnie lub stosując różnicę ciśnień na wlocie i wylocie kolumny; chromatografia powinowactwa – w której odpowiednio spreparowana faza rozdzielcza jest zdolna do oddziaływań chemicznych o zmiennym powinowactwie wobec rozdzielanych substancji; chromatografia jonowymienna – w której substancje oddziałują ze złożem za pomocą oddziaływań jonowych.
W zależności od parametrów procesu HPLC (ang. high performance/pressure liquid chromatography) wysokosprawna/wysokociśnieniowa chromatografia cieczowa – odmiana cieczowej chromatografii kolumnowej z użyciem eluentu pod wysokim ciśnieniem; FPLC (ang. fast protein/performance liquid chromatography) szybka, białkowa/szybkosprawna chromatografia cieczowa – odmiana HPLC działająca na niższych ciśnieniach, stosująca prócz złóż sorpcyjnych, także zwykłe złoża typu sit molekularnych, służąca głównie do rozdziału białek i polipeptydów. Opatentowana i wyłączna nazwa dla firmy Pharmacia; UPLC (ang. ultra performance liquid chromatography) ultrasprawna chromatografia cieczowa – odmiana cieczowej chromatografii kolumnowej. Działa na wyższych ciśnieniach i mniejszych przepływach, a kolumny mają mniejsze ziarno (1,7 – 1,8 μm). Pozwala uzyskiwać krótsze czasy retencji i wyższe rozdzielczości.