W 184 roku p.n.e. miasto zostało zdobyte przez Eumenesa II (?–159 p.n.e.), zabrane Bitynii pod panowaniem Prusjasza I (ok. 255–182 p.n.e.) i przyłączone do królestwa Pergamonu. W 133 roku p.n.e. zdobyte przez Rzymian. Stało się najważniejszym miastem w północnej Frygii. Okres największego rozkwitu Aizanoi przypada na II wiek n.e., kiedy funkcjonowało jako prężny ośrodek transportu i handlu zbożem, winem i wełną. W okresie świetności powstał tam m.in. teatr, stadion, łaźnie i nekropola.
W okresie wczesnego Bizancjum miasto było siedzibą biskupa. Utraciło znaczenie po VII w. – w średniowieczu wzgórze świątynne zostało przekształcone w fortecę, która służyła Seldżukom.
W 2012 roku Aizanoi zostało wpisane na turecką listę informacyjną UNESCO – listę obiektów, które Turcja zamierza rozpatrzyć do zgłoszenia do wpisu na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Stanowisko archeologiczne Miasto zostało ponownie odkryte przez europejskich podróżników w 1824 roku i zidentyfikowane jako Aizanoi w latach 1830–1840. W 1926 roku rozpoczęto prace wykopaliskowe w imieniu Niemieckiego Instytutu Archeologicznego.
Większość zachowanych ruin pochodzi z okresu rzymskiego. Odkryto m.in. świątynię Zeusa, zespół stadionu i teatru, budowlę targową (macellum), dwie nekropole, mosty i tamę, odeon i łaźnie rzymskie.