W trakcie przesłuchania okazuje się, że w niewoli Mason został zaprogramowany przez Dragowicza do zamordowania prezydenta Kennedy'ego, jednak Reznov przeprogramował go przed powstaniem w Workucie do zabicia Dragowicza, Krawczenki i Steinera. Mason odkrywa, że Reznow zginął podczas ucieczki z Workuty i przypomina sobie o położeniu stacji nadawczej, z której Dragowicz planuje transmisję hasła, które ma uaktywnić śpiących agentów w USA – statek Rusałka, stacjonujący przy brzegu Kuby. Mason, Hudson i Weaver rozpoczynają atak na statek i ukrytą bazę łodzi podwodnych. Podczas walk udaje im się dotrzeć do Dragowicza i go zlikwidować. Uciekają tuż przed tym, jak baza zostaje zbombardowana przez amerykańską marynarkę wojenną. W wyniku zabicia Dragowicza udaje się zdeeskalować konflikt atomowy i zabić wszystkich wiedzących o projekcie Nova 6.
Postacie Kapitan Alex Mason – postać, w którą wciela się gracz. Służył armii SOG, walczył w Wietnamie i Laosie. Sierżant Frank Woods – żołnierz SOG, przyjaciel Masona, uczestniczący w operacjach na Kubie i w Wietnamie Joseph Bowman – żołnierz SOG, przyjaciel Masona, uczestniczący w operacjach na Kubie i w Wietnamie dr.