Budynki rezydencji do końca XVIII wieku były systematycznie modernizowane. Dzięki darom Ogińskich i Brzostowskich jezuici wznieśli drewniany budynek szkoły i kościół. Placówka edukacyjna w ciągu wieku działalności jezuitów w Mińsku zmieniała swoją lokalizację. Do 1699 roku w miejsce drewnianej szkoły wzniesiono murowaną. Dnia 24 kwietnia 1700 roku uroczyście poświęcono kamień węgielny nowego murowanego kościoła. 16 kwietnia 1710 roku biskup wileński Konstanty Kazimierz Brzostowski konsekrował świątynię pod wezwaniem Jezusa, Maryi Panny i Św. Barbary. W 1716 roku stary kościółek został przystosowany pod szkołę. W 1723 roku ówczesny rektor Jakub Wołodkowicz zainicjował budowę murowanego gmachu, który budowano z przerwami w latach 1733–1739 i 1748.
W 1723 roku rozpoczęła się przebudowa domu Hegera i wznoszenie przy północno-zachodnim rogu kościoła murowanego dwukondygnacyjnego budynku, w którym znajdowały się pokoje profesorów i magistrów. Później równolegle do ulicy Kojdanowskiej dobudowano do niego trzykondygnacyjne skrzydło, gdzie znalazły się między innymi kuchnia i refektarz. Ostateczny wygląd zespołu uformował się w latach 1733–1738, a w 1739 roku zakończono budowę wieży zegarowej. Znajdowała się ona na środku fasady od strony Wysokiego Rynku.