Po opublikowaniu tzw. karykatur Mahometa przez dziennik „Jyllands-Posten” Naser Khader bronił tej publikacji, powołując się na wolność słowa, a także wskazując na konieczność dialogu muzułmanów z Zachodem. Jego postawa w czasie kryzysu wywołanego tą publikacją była szeroko krytykowana przez islamskich radykałów. Francuska stacja telewizyjna France 2 ujawniła w 2006 nagranie z ukrytej kamery, w którym rzecznik organizacji duńskich imamów Ahmed Akkari w rozmowie z innym działaczem muzułmańskim twierdził, że w przypadku objęcia przez Nasera Khadera teki ministra ds. integracji „należałoby do niego posłać dwóch facetów, którzy wysadziliby go w powietrze”. Prowadzone dochodzenie policyjne nie doprowadziło do przedstawienia zarzutów w tej sprawie. Sam Ahmed Akkari publicznie wyraził ubolewanie, oświadczając, iż wówczas żartował.
W tym okresie Naser Khader stał się założycielem ruchu politycznego pod nazwą Demokratyczni Muzułmanie w Danii (Demokratiske Muslimer). Stowarzyszenie to określiło się jako forum dla muzułmańskich imigrantów, stawiając sobie za cel podjęcie działań promujących możliwość pogodzenia islamu z demokratycznym ustrojem państwa.