Terytorium bazy ograniczało możliwość osiągnięcia wystarczającej głębokości obronnego systemu, ale pozwalało stworzyć znaczną gęstość obrony. Na półwyspie na początku wojny rozmieszczono 8 Samodzielną Brygadę Strzelecką pod dowództwem pułkownika N. P. Simoniaka, wzmocnioną artylerią, dywizjonem przeciwlotniczym, batalionami czołgowymi i saperskimi. Odcinek obrony brzegowej wzmocniono kilkoma pociągami pancernymi i stacjonarnymi bateriami z armatami o kalibrze od 305 do 45 mm. Obrona przeciwlotnicza bazy składała się z dwunastu 76 mm baterii i jednej eskadry samolotów (11 myśliwców I-153 i I-15bis). W bazie stacjonowały 3 strażnicze kutry MO 4 oraz kilka mniejszych. Ogólna liczebność garnizonu bazy stanowiła 25 300 ludzi.
Finlandia Zajęcie Hanko było zadaniem fińskich sił zbrojnych, dla których stworzono Grupę „Hanko”, składającą się z 17 Dywizji Piechoty (fińskiej) i silnego artyleryjskiego ugrupowania z armatami do 305 mm (razem 103 armaty). Fińskie Siły Powietrzne, liczące na początku wojny tylko 500 samolotów, nie stanowiły zagrożenia, ale duża liczba lotnisk tworzyła możliwość przerzutu znacznych sił Luftwaffe w rejon Hanko.