Od 1934 do 1946 obydwie struktury nie utrzymywały ze sobą kontaktów, zaś patriarchat moskiewski powołał do życia Egzarchat Amerykański z metropolitą Beniaminem (Fiedczenkowem) na czele, do którego przeszły te parafie, które poparły stanowisko metropolity Sergiusza (zobowiązanie lojalności). Dopiero w 1970 Rosyjski Kościół Prawosławny stosownym tomosem nadał Kościołowi w Ameryce status autokefaliczny. Egzarchat Amerykański został zlikwidowany, zaś wchodzące w jego skład parafie miały – w zamyśle autorów tomosu tymczasowo – tworzyć strukturę o nazwie Patriarsze parafie w Stanach Zjednoczonych. Jej zwierzchnik jest każdorazowo tytularnym biskupem jednego z miast w eparchii moskiewskiej.
Podział administracyjny Patriarsze parafie w Stanach Zjednoczonych są zgrupowane w następujące dekanaty: Dekanat Stanów Atlantyckich Dekanat Stanów Centralnych Dekanat Stanów Wschodnich Dekanat Stanów Zachodnich (obejmujący jedyną parafię na terytorium Meksyku).
Poza tym jako odrębna jednostka funkcjonuje parafia przy soborze św. Mikołaja w Nowym Jorku.