Zasilanie odbywa się trzema drogami: za pomocą wód podziemnych drenowanych poziomów wodonośnych Wysoczyzny Kujawskiej, powierzchniowymi wodami odpływowymi ze skarpy wysoczyzny, względnie wodami roztopowymi w okresie odwilży wiosennej oraz antropogenicznie wodami podziemnymi odpompowywanymi z terenu "Naftobazy" w Nowej Wsi WielkiejOpracowanie ekofizjograficzne dla terenu gminy Nowa Wieś Wielka. Reżim hydrologiczny górnego biegu Zielonej Strugi charakteryzuje się podatnością na zanik wód w wyniku obniżenia zwierciadła wód podziemnych.
Następnie rzeczka skręca ku północnemu wschodowi i na odcinku ponad 10 km płynie przez obszar Puszczy Bydgoskiej. Rejon ten jest niemal bezludny, istnieje tylko kolonia domków letniskowych we wsi Jarki. Koło Jarek istniała zapora młyńska spiętrzająca wodę do 3 m. Przed zaporą powstał sztuczny zbiornik o długości 300 m i szerokości około 50-70 m. W czasie napełniania zbiornika, przy całkowicie zamkniętym jazie, koryto Zielonej poniżej jazu bywało zupełnie suche na odcinku trzech kilometrów biegu rzeki.