Santa Anna został pojmany i doprowadzony do Houstona, który wbrew głosom wymierzenia Santa Annie najwyższej kary przez powieszenie, zmusił go do podpisania traktatu pokojowego uznającego niepodległość Teksasu. Następnie Santa Anna został odesłany do Waszyngtonu, gdzie spotkał się z prezydentem Andrew Jacksonem (1767–1845) i został puszczony wolno.
W 1837 roku Santa Anna powrócił do Meksyku, gdzie podczas jego nieobecności pozbawiono go urzędu, a jego miejsce zajął Busamante. Santa Anna powrócił do swojego majątku Manga de Clavo w Veracruz.
Wojna francusko-meksykańska (1838) i przejęcie władzy (1839) W 1838 roku marynarka francuska próbowała zająć Veracruz w odwecie za szkody, jakie ponieśli obywatele francuscy w Meksyku. Francuzi domagali się odpowiednich reparacji. Santa Anna zwołał armię meksykańską i poprowadził do Veracruz, gdzie jedynie ostrzelał statki francuskie, które już wypływały z portu. W czasie walk stracił nogę. Dzięki temu zyskał sobie opinię „bohatera Meksyku”, co pomogło mu po raz kolejny w objęciu władzy w kraju, którą sprawował tymczasowo od marca do lipca 1839 roku, podczas gdy oficjalny prezydent był za granicą. Wkrótce został odsunięty od władzy, lecz powrócił w 1841 roku i utrzymał się do 1845 roku, kiedy to został obalony i skazany na dożywotnią banicję.