Roczna suma opadów 400 mm na południu do 560 mm na północy. Opady głównie wiosenno-letnie (70% rocznych opadów) o charakterze ulew. Pokrywa śnieżna ustala się jedynie podczas najchłodniejszych zim. Na okres zimy przypada 30% opadów rocznych. Przeważają wiatry północno-zachodnie. Zimą występują częste odwilże. Niewielką opady związane są z napływem suchych, kontynentalnych mas powietrza, pochodzących głównie z głębi Rosji i Kazachstanu.
Wody 200px|mały|Zdjęcie satelitarne Mołdawii Sieć rzeczna jest bardzo gęsta. Występują liczne rzeki i okresowe cieki wodne. Jedynie 10 rzek w kraju ma długość większą niż 100 km. Mołdawia w całości należy do zlewiska Morza Czarnego. Rzeki: Dniestr (długość w granicach Mołdawii 657 km) z dopływami Stary Reut, Byk i Botna oraz Prut (graniczna na długości 695 km). Niewielka liczba jezior, w kraju wszystkie jeziora położone są w dolnej części dorzecza Prutu w odległości 20-40 km od ujścia Dunaju. Największe naturalne jeziora to Manta i Beleu. Manta ma powierzchnię 1100 ha, a Beleu nieco mniejsze około 1000 ha.