W 1784 w wyniku reform józefińskich przeprowadzonych przez cesarza Austrii Józefa II władze austriackie zlikwidowały kolegium pijarów. Ich posiadłość w Winnikach włączono do dóbr skarbowych, a parafię przejęło duchowieństwo diecezjalne. W posiadłości popijarskiej powstała manufaktura tytoniu, przekształcona w XIX w. w fabrykę, działającą do dziś. Pracownicy manufaktury sfinansowali dużą część wyposażenia kościoła, w którym prace wykończeniowe przeciągnęły się do końca XVIII w.
Po zakończeniu II wojny światowej ostatnimi administratorami parafii byli ks. Albin Mydlarz do 13 listopada 1945 oraz ks. Włodzimierz Pelc do 8 maja 1946. Po 1946 kościół został zmieniony w magazyn. W 1992 władze niepodległej Ukrainy zwróciły kościół wiernym; w tym samym roku wznowiono też działalność parafii.
Architektura thumb|Dzwonnica Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny to budowla halowa, trzyprzęsłowa, bez wyodrębnionego w bryle prezbiterium. Do korpusu głównego przylegają z jednej strony dwie zakrystie, a z drugiej wydłużona kruchta. Nad dwuspadowym dachem wznosi się smukła sygnaturka. Fasada jest dekorowana pilastrami i profilowanymi gzymsami, zwieńczona jest krzywoliniowym szczytem. Wewnątrz kruchty znajduje się portal główny dekorowany herbami rodowymi fundatorki: Pilawą i Drużyną.