Zgromadził około 15 000 przedmiotów. Był jednym z największych kolekcjonerów sztuki w Polsce XX wieku. Zbierał malarstwo, rzeźbę, design, archiwalia, numizmaty, starodruki, w tym inkunabuły. Zajmował się też kolekcjonowaniem pamiątek po znanych Polakach, zasłużonych dla historii kraju i Europy.
Po 1950 eksponował zbiory w prywatnym Muzeum nad Apteką. 25 kwietnia 1965 Klub Miłośników Książki w Łodzi w uznaniu [...] wybitnych zasług wokół Kolekcjonerstwa Pamiątek PolskichDyplom Członkowie Klubu Miłośników Książki w Łodzi honorują buławą Jerzego Dunin-Borkowskiego..., wyk. T. Jóźwiak, Łódź-Krośniewice 1965 uhonorował J. Dunin-Borkowskiego okolicznościową buławą Hetmana Kolekcjonerów Polskich. Został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski oraz innymi odznaczeniami, odznakami, medalami. Był członkiem honorowym wielu stowarzyszeń kolekcjonerskich, regionalnych i naukowych.