Akademia prowadzi również studia podyplomowe takie jak: Dziennikarstwo, Relacje międzynarodowe i dyplomacja, Zasady wykorzystania funduszy unijnych, Grafika komputerowa i techniki multimedialne, Zastosowanie informatyki w dydaktyce, Retoryka i wystąpienia przed kamerą, Polityka ochrony środowiska – kompensacja przyrodnicza, Master of Business Administration; Polityka gospodarcza, finanse i bankowość; Dziedzictwo myśli Świętego Jana Pawła II.
Poczet rektorów o. dr Tadeusz Rydzyk CSsR, prof. AKSiM (2001–2006) ks. dr Andrzej Ulaczyk (2006–2007) o. dr Krzysztof Bieliński CSsR (2007–2012) o. dr Zdzisław Klafka CSsR (od 2012)
Rada naukowa Rada Naukowa stanowi organ doradczy, zajmuje stanowisko w sprawach programowych i ważnych kwestiach dotyczących funkcjonowania uczelni. Należą do niej:
o. dr Zdzisław Klafka CSsR, rektor WSKSiM prof. dr hab. Jacek Bartyzel – Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Polska dr – Ośrodek Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie, Polska ks. prof. dr hab. Paweł Bortkiewicz TChr – Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Polska dr hab. – Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Polska ks. dr hab. Tomasz Dutkiewicz, prof. UMK – Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Polska prof. dr hab.