Działalność w latach 1982–2005 W 1982 dołączył do partii Zieloni. Jego ugrupowanie domagało się wówczas natychmiastowego zamknięcia elektrowni jądrowych, skrócenia tygodnia pracy, wystąpienia Niemiec z NATO i rozwiązania armii. W 1983 formacja po raz pierwszy uzyskała reprezentację w Bundestagu; Joschka Fischer został jednym z deputowanych, mandat wykonywał do 1985.
W grudniu 1985 objął funkcję ministra środowiska i energii w rządzie krajowym Hesji w ramach koalicji z Socjaldemokratyczną Partią Niemiec. Stał się tym samym pierwszym przedstawicielem Zielonych na stanowisku ministra w rządzie krajowym. Kontrowersje wzbudził jego strój w trakcie zaprzysiężenia – w postaci trampek, dżinsów i sportowej kurtki. Funkcję tę pełnił do lutego 1987, kiedy to doszło do zerwania koalicji. Po wyborach w tym samym roku, w których uzyskał mandat posła do landtagu, został przewodniczącym frakcji deputowanych Zielonych. W 1991 w ramach nowej koalicji czerwono-zielonej powrócił do rządu krajowego – objął stanowiska ministra środowiska, energii i spraw federalnych oraz wicepremiera; funkcje te pełnił do 1994.