We wrześniu 1939 roku wybuchła wojna, która odcisnęła się piętnem na tutejszej tradycji i historii. Niemieckie władze okupacyjne zmieniły nazwę miejscowości na niem. KohlendorfNiemieckojęzyczna nazwa miejscowości została nadana przez niemieckie władze okupacyjne w 1939 roku. Z czasem jednak z nieznanych powodów nazwa niemiecka wyszła z użycia i w oficjalnych niemieckich dokumentach zastąpiła ją nazwa polska, Brzeszcze. Za: Jacek Lachendro: Gmina Brzeszcze w latach okupacji niemieckiej 1939–1945. Przewodnik po wybranych miejscach pamięci. Brzeszcze 2009: Urząd Gminy Brzeszcze. . Założono w Brzeszczach dwa podobozy koncentracyjne KL Auschwitz, których więźniowie pracowali w szkółce drzew, cieplarni, chlewni i kopalni, budowali także elektrownię „Andreas”, która miała wejść w skład koncernu Hermann Göring, nigdy jednak jej nie ukończono. W obozie żeńskim zlokalizowanym na Budach w październiku 1942 roku doszło do masakry więźniarek. Zginęło około 90 kobiet, wśród których znajdowały się głównie żydówki francuskieTragiczna rocznica – historia podobozu KL Auschwitz w Brzeszczach na Borze. Miejscowa ludność angażowała się w pomoc więźniom, działały tu struktury Armii Krajowej, Batalionów Chłopskich, Gwardii Ludowej PPS.