W czasie agresji niemieckiej na Polskę w 1939 miejsce potyczek cofających się armii polskich z wojskami niemieckimi. Na miejscowym cmentarzu leży 500 poległych żołnierzy polskich. W zabudowaniach klasztoru mieścił się szpital dla żołnierzy polskich i niemieckich. 23 września 1939 miała tu miejsce szarża 25 Pułku Ułanów Wielkopolskich podpułkownika Stachlewskiego, którzy w okolicy Kaplicy „Na Wodzie” stoczyli zwycięską bitwę z kawalerią niemiecką, opanowując miasteczko (to prawdopodobnie arena ostatniej bitwy między oddziałami konnymi w historii II wojny światowej). Przez pewien czas Krasnobród był okupowany przez wojska sowieckie.
Podczas okupacji niemieckiej okolica była terenem działań oddziałów partyzanckich Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. Działał tu również oddział Gwardii Ludowej im. Kotowskiego składający się w większości ze zbiegłych z obozów jenieckich żołnierzy radzieckich. Oddział dowodzony był przez Michaiła Atamanowa ps. „Miszka Tatar”. Oddział ten 16 maja 1943 zaatakował tartak w Krasnobrodzie i zniszczył stację kolejowąJózef Bolesław Gargas „Oddziały Gwardii Ludowej i Armii Ludowej 1942–1945” Wydawnictwo MON 1971 str. 157.. Krasnobród został spacyfikowany w lutym i marcu 1943, krasnobrod.pl. [dostęp 2018-05-05]. a wysiedlony przez Niemców 5 lipca 1943.