Latem 2000 roku Højer ponownie trafił do Viborga. W styczniu 2003 roku podpisał kontrakt z grającym w Superligaen Odense Boldklub. W 2004 roku wraz z Tommym Bechmannem, Mwape Mitim i Mohamedem Zidanem został królem strzelców tych rozgrywek z wynikiem 19 goli. W 2005 roku powtórzył to osiągnięcie, tym razem zdobywając 20 bramek. Również w 2005 roku po raz kolejny został zawodnikiem Viborga. W jego barwach, w 2006 roku, po raz trzeci w karierze został królem strzelców Superligaen, strzelając 16 goli. Z końcem 2007 roku zakończył karierę.
Łącznie w całej karierze zawodniczej rozegrał 339 spotkań w Superligaen, w których strzelił 124 gole.
Kariera reprezentacyjna Højer rozegrał jedno spotkanie w reprezentacji Danii. Był to wygrany 1:0 towarzyski mecz ze Szwecją, rozegrany 14 sierpnia 1996 roku. Wcześniej występował też w kadrze Danii U-21.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery zawodniczej Højer objął funkcję dyrektora sportowego w Viborgu. W latach 2010–2011 był trenerem tymczasowym pierwszego zespołu Viborga. Pełnił tę funkcję wspólnie z Sørenem Frederiksenem. W następnych latach trenował młodzieżowe drużyny Viborga oraz był asystentem trenera w pierwszym zespole tego klubu. 2 sierpnia 2017 roku ponownie został tymczasowym trenerem seniorskiej drużyny klubu, natomiast 27 sierpnia definitywnie objął tę funkcję.