Następnie funkcję tę pełnił, aż do swej śmierci w roku 2008, włoski archeolog o. Michele Piccirillo OFM. Obecnie dyrektorem muzeum jest palestynolog o. Eugenio Alliata OFM.
Zakres zbiorów Trzonem pierwotnej kolekcji muzealnej były przedmioty liturgiczne pochodzące z klasztoru franciszkańskiego w Betlejem – Skarbiec betlejemski – oraz duży zbiór fajansowych naczyń z jerozolimskiej apteki klasztornej. W tym pierwszym okresie powstał również model Jerozolimy br. Emile Dubois OFM, stanowiący dzisiaj część zbiorów muzealnych. Zanim przeniesiono zbiory do klasztoru przy Via Dolorosa, muzeum wzbogaciło się w kolekcję starożytnych monet podarowaną przez o. Hyacinth Tonizzę OFM oraz przedmioty pochodzące z wykopalisk w Egipcie, te ostatnie podarowane przez o. Cleophasa Steinhausena OFM. Botanista o. Gianmaria Amadori OFM ofiarował i usystematyzował zbiór palestyńskiej flory i fauny. Wraz z rozwojem Studium Biblijnego i prowadzonymi pracami wykopaliskowymi przez jego wykładowców do muzeum trafiały kolejno znaleziska pochodzące z Góry Nebo, En Kerem, Betfage, Getsemani, Pustyni Judzkiej, Nazaretu, Kafarnaum, Emaus, Betani, Dominus flevit i Jerozolimy (Syjon, Bazylika Bożego Grobu). Kolekcję wzbogacano o kupowane na rynku jerozolimskim artefakty, monety i przedmioty ceramiczne.