W czasie trwania rebelii u boku Tuaregów z MNLA walczyło ugrupowanie Ansar ad-Din („Obrońcy Wiary”), mające powiązania z Al-Ka’idą Islamskiego Magrebu (AQIM) oraz fundamentaliści islamscy z Zamaskowanej Brygady i Ruchu na rzecz Jedności i Dżihadu w Afryce Zachodniej (MUJAO), którzy wydzielili się z AQIM. W maju 2012 MNLA i „Obrońcy Wiary” zawarli porozumienie w sprawie utworzenia państwa islamskiego. Sojusz ten rozpadł się wskutek forsowania surowej wersji szariatu przez „Obrońców Wiary” na terenach o bardziej tolerancyjnej linii. Na początku lipca „Obrońcy Wiary” wraz z AQIM i fundamentalistami islamskimi przejęli od MNLA kontrolę nad znaczną częścią terytorium i wprowadzili prawa szariatu. Zaczęto wówczas niszczyć i burzyć tradycyjne świątynie sufickie pod hasłami walki z bałwochwalstwem. Lider „Obrońców Wiary” Ag Ghali dążył do wprowadzenia szariatu na całym terenie Mali. Coraz trudniejsza sytuacja na północy kraju spowodowała masową ucieczkę Malijczyków z regionu.