Teren zespołu podzielony został funkcjonalnie i kompozycyjnie na dwie części: zachodnią – zabudowaną budynkami Instytutu i wschodnią zajętą przez pola wegetacyjne, o powierzchni 5 ha.
W części zachodniej zaprojektowano zabudowę obrzeżną, wzdłuż ulic. Budynek główny, stanowiący dominantę zespołu, zamyka od wschodu plac Weyssenhoffa, na zamknięciu osi widokowej al. Mickiewicza. Budynek jednego z instytutów oraz dwa domy mieszkalne znajdują się po wschodniej stronie alei Ossolińskich, zaś kolejne dwa budynki stoją w południowej pierzei ul. Powstańców Wielkopolskich. W sąsiedztwie kompleksu znajduje się Bazylika św. Wincentego à Paulo w Bydgoszczy.
Ulice okalające zespół architektoniczny (al. Ossolińskich, pl. Weyssenhoffa, ul. Powstańców Wlkp.) wytyczone zostały krótko przed budową Instytutu, tworząc wraz z nim zespół urbanistyczny o dużych walorach kompozycyjnych. W głębi parceli umieszczone zostały budynki pomocnicze – inwentarskie, szklarnie i stodoła. Teren Instytutu ogrodzono od strony ulic żeliwnym ogrodzeniem na ceglanej podmurówce z bramami i furtkami.