W 1648 roku kościół został zniszczony przez Kozaków Bohdana Chmielnickiego, a kryjący się w nim mieszkańcy zostali wymordowanihttps://archiv.ub.uni-heidelberg.de/artdok/1618/1/Krasny_Renesansowy_kosciol_w_Dobromilu_1995.pdf.

XVIII wiek W 1719 r. Wojciech Michalski, ówczesny dzierżaw­ca Dobromila podjął gruntowny remont kościoła. Po 1743 r. właściciel miasta Błażej Krasiński starosta przasnyski rozpoczął przebudowę świątyni. Naprzeciw­ko kaplicy Herburtów dostawiono do nawy kaplicę Św. Kingi (patronki górników z żup solnych znajdujących się koło Dobromila), a przy prezbiterium, od południa wymurowano nową zakrystię. We wnętrzu świątyni położono kamienną posadzkę, wybudowano pięciosto­pniowy podest przed ołtarzem głównym i wybielono ściany. Pokryto dachówką skarbiec. Przebudowę prowadzono do 1753 roku i zmierzała ona do uporząd­kowania planu budynku i ujednolicenia jego zewnętrz­nych elewacji. Po wzniesieniu kaplicy Św. Kingi (ukształtowanej wyraźnie na wzór wcześniejszej kapli­cy Herburtów) świątynia ta zyskała regularny układ przestrzenny in modu crucis z pseudotranseptem utwo­rzonym przez dwie niemal bliźniacze kaplice. Rozwią­zanie takie było charakterystyczne dla architektury pol­skiej XVII wieku. Święta Kinga była patronką górników pracujących w miejscowych kopalniach soli.