Około 1638 roku odbył również pielgrzymkę na Athos.
Wracając z Athosu, Bazyli (Jovanović) zatrzymał się w rezydencji patriarchów Serbii w Peci (Ključ) i w sierpniu 1638 przyjął chirotonię na biskupa trebińskiego, z siedzibą w monasterze Tvrdoš. Wrócił do Hercegowiny, gdzie mimo represji ze strony Turków działał na rzecz odnawiania serbskich klasztorów prawosławnych. W tym okresie zaczęto przypisywać mu moc uzdrawiania. Po śmierci metropolity wschodniej Hercegowiny Paisjusza, zabitego przez Turków, z polecenia patriarchy Gabriela, biskup Bazyli objął zarząd metropolii zahumskiej, powstałej z połączenia wszystkich struktur Serbskiego Kościoła Prawosławnego w Bośni i Hercegowinie. Represje tureckie nie pozwoliły jednak duchownemu pozostać w Hercegowinie; przeniósł się on do monasteru Ostrog w Czarnogórze, który rozbudował razem z innymi mnichami. Resztę życia spędził w tymże klasztorze i tam zmarł 12 maja 1671. Jego relikwie znajdują się w monasterskiej cerkwi Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni.