Niezdyscyplinowana armia bizantyjska, będąca zbieraniną różnoetnicznych kontyngentów, została rozgromiona przez Seldżuków, a cesarz dostał się do ich niewoli. Alp Arslan, dla którego głównym wrogiem byli Fatymidzi, wypuścił jednak cesarza z niewoli po zagwarantowaniu sobie niewielkich cesji terytorium i odszedł na południe. W roku 1072 wyruszył nad Amu-darię, gdzie znajdowały się tereny istotniejsze dla Seldżuków niż znajdująca się na rubieżach ich państwa Anatolia, i zaatakował Karachanidów, zabezpieczając tym samym wschodnią granice państwa. Jednakże 8 grudnia 1072 roku umarł od ran odniesionych w trakcie przypadkowego zajścia z jednym z jeńców.
Malekszah Następcą Alp Arslana został jego syn, Malekszah. Nie był on władcą zbyt energicznym. Właściwe zarządzanie państwem pozostawił w rękach Nezam-al-Molka, który równie wytrwale co bezskutecznie starał się przeciwstawiać tendencjom odśrodkowym w państwie, którego dochody kurczyły się w wyniku rozdawnictwa sułtańskich ziem i coraz większej liczby immunitetów podatkowych. Lokalni zarządcy niektórych prowincji coraz częściej byli właściwie na wpół niezależnymi władcami.