W XVII w. nadeszło pasmo klęsk: epidemie (1628–1631, 1662), seria pożarów, okupacja i złupienie miasta przez Szwedów (1655-1656). W tym okresie Szwedzi zniszczyli zamek. Opuszczony stał do 1818 roku kiedy to, z rozkazu zaborowego, pruskiego rządu, został rozebrany. Poważnym zniszczeniom uległy również fortyfikacje miasta, które po potopie szwedzkim nie były już remontowane. Do ich rozbiórki przystąpiono na przełomie XVIII i XIX wieku, a ostatnie większe fragmenty znikły w 1816 roku. Rozebrana została również północna Brama Toruńska oraz południowa Brama Kaliska.
W 1646 roku Władysław IV Waza wydał przywilej odnawiający dwa jarmarki w mieście i zapewniający ochronę kupcom udającym się oraz powracającym z tych jarmarków.
W 1652 roku dekret starościński zezwolił osiadłym w mieście Szkotom na posiadanie browarów i wyrobu piwa. thumb|Widok z mostu Warszawskiego na Wartę (w czasie powodzi w 2010)
Rozbiory Polski
thumb|Mapa miasta Konina i okolic (ok. 1790 r.) Do 1793 Konin leżał w województwie kaliskim, lecz w wyniku II rozbioru Polski znalazł się na obszarze zaboru pruskiego. Od 1795 był w departamencie kaliskim Prus Południowych, a od 1807 w departamencie kaliskim Księstwa Warszawskiego.
W 1793 roku w mieście było 22 szewców, 13 garncarzy i 8 kuśnierzy.