Od 1990 do 1992 roku rozegrał w kadrze Jugosławii 11 meczów i strzelił 1 gola.
Po rozpadzie Jugosławii Najdoski zaczął grać w reprezentacji Macedonii. Zadebiutował w niej 13 października 1993 roku w wygranym 4:1 towarzyskim meczu ze Słowenią. W barwach Macedonii grał w eliminacjach do Euro 96. W kadrze Macedonii od 1993 do 1996 roku rozegrał łącznie 10 meczów.
Mecze i gole w reprezentacji # Data Stadion Rywal Wynik Gol RozgrywkiJugosławia1990 1. 12.09.1990 Belfast, Irlandia Północna 2:0 0 el. ME 1992 2. 14.11.1990 Kopenhaga, Dania 2:0 0 el. ME 19921991 3. 27.02.1991 Izmir, Turcja 1:1 0 towarzyski 4. 27.03.1991 Belgrad, Jugosławia 4:1 0 el. ME 1992 5. 01.05.1991 Belgrad, Jugosławia 1:2 0 el. ME 1992 6. 16.05.1991 Belgrad, Jugosławia 7:0 1 el. ME 1992 7. 08.08.1991 Aosta, Włochy 0:0 0 towarzyski 8. 04.09.1991 Sztokholm, Szwecja 3:4 0 towarzyski 9. 16.10.1991 Landskrona, Szwecja 2:0 0 el. ME 1992 10. 30.10.1991 Varginha, Brazylia 1:3 0 towarzyski1992 11. 25.03.1992 Amsterdam, Holandia 0:2 0 towarzyskiMacedonia1993 1. 13.10.1993 Kranj, Słowenia 4:1 0 towarzyski1994 2. 31.08.1994 Skopje, Macedonia 0:2 0 towarzyski 3. 07.09.1994 Skopje, Macedonia 1:1 0 el. ME 1996 4. 12.10.1994 Skopje, Macedonia 0:2 0 el. ME 1996 5. 16.11.1994 Bruksela, Belgia 1:1 0 el. ME 1996 6. 17.12.1994 Skopje, Macedonia 3:0 0 el. ME 19961995 7.