Po faktycznym objęciu władzy w Kastylii Ferdynand przyjął tytuł „króla Hiszpanii”, pretendując, podobnie jak jego ojciec i brat, do zwierzchnictwa nad pozostałymi chrześcijańskimi królestwami półwyspu Iberyjskiego: Nawarrą i Aragonią. Dążenia władcy napotkały poważny opór w Kastylii, gdzie możni skupieni wokół wpływowego rodu Lara stworzyli zbrojną opozycję wobec Ferdynanda, chcącego zlikwidować odrębność Kastylii. Ferdynand znalazł sojuszników w członkach innego ważnego kastylijskiego rodu - Castro, zajmując przy ich pomocy kilka kastylijskich miast, w tym Segowię, Toledo oraz obszary Estremadury. Walki w Kastylii trwały do 1163 roku, kiedy zawarto rozejm, choć w 1166 Ferdynand musiał dodatkowo oddać bratankowi Toledo. W 1169 możni kastylijscy ogłosili, że Alfons VIII jest już pełnoletni, co pozwoliło im zrzucić zależność króla Leonu, aczkolwiek Ferdynandowi II udało się zatrzymać w posiadaniu część zdobytych terenów.