Tymczasem strzały padły, dopiero gdy samochód, przyspieszając, zaczął oddalać się od składnicy książek, przez co celowanie dla strzelca znajdującego się w tym budynku było trudniejsze.
Źródłem wątpliwości jest także zamordowanie Oswalda w dwa dni po zamachu przez Jacka Ruby’ego – człowieka powiązanego z mafią. Dyskusyjny jest także, biorąc pod uwagę to kim był Ruby, podawany przez niego motyw zabójstwa. Rzekomo chciał on bowiem oszczędzić wdowie po prezydencie bólu w czasie procesu. Nie zostało w sposób przekonujący wyjaśnione w jaki sposób Ruby’emu udało się przedostać w pobliże Oswalda pilnowanego przez policjantów.
Ekshumacja mały|Grób Oswalda W 1981 dokonano ekshumacji zwłok Oswalda na prośbę brytyjskiego badacza Michaela Eddowesa, za zgodą wdowy po zamachowcu. Eddowes w swojej książce Khrushchev killed Kennedy wydanej w 1975 wysunął tezę, że to nie Oswald, lecz jego sobowtór imieniem Alek był zamachowcem. Ów zamachowiec miał być agentem KGB i członkiem większej grupy. Eddowes na dowód swojej hipotezy przytacza również twierdzenie, że ów sobowtór nie ma blizny po operacji sprzed kilku lat przed śmiercią, a Oswald takową posiadał. Badania dokonane po ekshumacji nie potwierdziły żadnej z hipotez prezentowanych przez Eddowesa.