Po zakończeniu wojny w Bośni i Hercegowinie Ratko Mladić powrócił do Belgradu, ciesząc się otwartym poparciem i ochroną ze strony prezydenta Jugosławii Slobodana Miloševicia. Mladić wraz z Radovanem Karadžiciem, prezydentem Republiki Serbskiej podczas wojny, został jednak w oficjalnym akcie oskarżenia, opublikowanym przez grupę ONZ działającą w Hadze w Holandii, uznany za odpowiedzialnego za bezprawne uwięzienia, morderstwa, gwałty, napaści na tle seksualnym, tortury, pobicia, rozboje i nieludzkie traktowanie ludności cywilnej, bezprawne deportacje i transfery ludności cywilnej, nielegalny ostrzał cywilów, bezprawne przywłaszczenie i grabieże majątku oraz niszczenie miejsc kultu.
Ścigany Już w 1995 roku Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii wydał nakaz aresztowania Ratka Mladicia, ten jednak przed aresztowaniem Slobodana Miloševicia czuł się bezkarny. Był widywany w miejscach publicznych, na przykład w restauracjach czy na meczach piłkarskich. Dopiero po zatrzymaniu byłego prezydenta Jugosławii w 2001 roku generał zaczął się ukrywać. Według niektórych źródeł jego schronieniem był powojenny bunkier w Han Pijesak. Mógł też szukać schronienia na terenach dzisiejszej Czarnogóry.