Od początku istnienia Puchar Interkontynentalny odbywał się bez udziału FIFA, która rywalizowała z UEFA o kontrolę nad turniejami międzynarodowymi. W związku z tym w 2000 roku FIFA postanowiła zorganizować własny turniej wyłaniający najlepszą klubową drużynę świata. W tym roku w Brazylii odbyły się Klubowe Mistrzostwa Świata FIFA (FIFA Club World Championship). Uczestnikami miały być najlepsze kluby poszczególnych kontynentów. Drugie Klubowe Mistrzostwa Świata miały się odbyć w Hiszpanii w 2001 roku, jednak z powodu finansowych problemów partnera FIFA i sponsora turnieju firmy ISL drugie mistrzostwa nie odbyły się w roku 2001 ani w kolejnych latach.
Skłoniło to władze FIFA do kompromisu polegającego na połączeniu obu turniejów, Pucharu Toyoty i Klubowych Mistrzostw Świata w jeden nowy, który przyjął nazwę FIFA Club World Championship Toyota Cup (Klubowe Mistrzostwa Świata FIFA - Puchar Toyoty). Premierowa edycja odbyła się w 2005 roku. FIFA ufundowała nowe trofeum dla zwycięzcy, a mecze tradycyjnie odbywały się w Japonii, z finałem na Stadionie Międzynarodowym w Jokohamie.