Religia W mieście przeważają katolicy. W Mogielnicy mieści się siedziba dekanatu mogielnickiego, archidiecezji warszawskiej, zrzeszającego sześć okolicznych parafii, w tym parafię św. Floriana w Mogielnicy. W mieście znajduje się cmentarz parafialny. Pochowani na nim zostali m.in. Wincenty Dobiecki, generał brygady powstania listopadowego oraz Kasper Pleciński (zmarły 1852 r.), burmistrz Mogielnicy. Cmentarze znajdują się także w pozostałych parafiach wchodzących w skład dekanatu. W mieście istniała przed wojną silna tradycja żydowska, która miała duży wpływ na jego życie społeczne i kulturalne. Obecnie odbywają się sezonowe wydarzenia związane z żydowskimi tradycjami, a cmentarz żydowski pozostaje miejscem odwiedzanym przez potomków dawnych mieszkańców.
Na cmentarzu katolickim usytuowana jest niewielka kaplica pw. Świętej Trójcy, wzniesiona pod koniec XV wieku.