W latach 60 poprzedniego stulecia dokonano zmian w prezbiterium. Byłe one związane z reformą liturgiczną po Soborze Powszechnym. Zainstalowano wtedy nowy ołtarz główny w obecnym kształcie. Dalsze zmiany zainicjował ks. proboszcz Stanisław Majcher, było to w 1979 roku. W prezbiterium powstały freski pędzla artysty A. Dzięgielewskiego, przedstawiające świętych Zakonu Jezuitów i Kościoła. Powstały także nowe stacje Męki Pańskiej i tabernakulum.
Dalsze prace renowacyjne zostały przeprowadzone przez ks. proboszcza Kazimierza Ptaszkowskiego SI. Odnowiono zabytkowe witraże gotyckie i wymalowano wnętrze a wokół świątyni odrestaurowano istniejące ogrodzenie wraz z przylegającym placem.
Istniejący stan kościoła św. Elżbiety dostosowany jest do zmian jakie zaszły po ostatnim Soborze Powszechnym.
Obecnie zakończono prace związane z rozbudową Centrum Duszpasterskiego mieszczącego się na placu kościelnym. Znajdują się w nim obszerne pomieszczenia zaspokajające potrzeby licznie funkcjonujących przy Parafii grup.
Zobacz też Nowy Sącz Parafia Najświętszego Serca Pana Jezusa w Nowym Sączu