Geomorfologicznie leży na południowym wschodzie Podgórza Karkonoskiego, lub raczej jego części zwanej Kocléřovský hřbet, oraz z północnego zachodu na zachód znajduje się Hořičský hřbet.
Powierzchnia wsi jest bardzo pofałdowana i waha się w wysokości od 405 do 458 m n.p.m. W kierunku od Hořiček stopniowo spada, a mianowicie aż do doliny Potoku Válovickiego. Najwyższym punktem miejscowości jest Březina (457,4 m n.p.m.).
Chlístov należy geologicznie do Česká křídová pánev, co oznacza, że jest częścią Masywu Czeskiego. Większość wsi w sensie chronostratygraficznym należy do późnej kredy, a dokładniej do dolnego oraz środkowego turonu. Dlatego tutaj można znaleźć głównie piaszczyste margle oraz spongiolity. Północny wschód miejscowości w pobliżu Mezilečí zawiera głównie osady miocenu i pliocenu (piaszczyste żwiry i piaski, sporadycznie bloki piaskowca kwarcowego i wkładki gliny). Do różnorodności geologicznej obszaru dopomaga dolina Potoku Válovickiego, która składa się z aluwialnych osadów holocenu. W kierunku Končin oraz Nowego Dvoru istnieją trzy główne źródła nieutwardzonych osadów rzecznych. Te relikty słodkowodnego trzeciorzędu są z neogenu, młodszego okresu ery kenozoicznej, i większość z nich należy do epoki pliocenu.