Latem 2002 Ayala został graczem nowo powstałej drużyny Jaguares de Chiapas z siedzibą w mieście Tuxtla Gutiérrez. Z miejsca stał się podstawowym graczem drużyny i przez cały ponadczteroletni pobyt w klubie był ważnym ogniwem zespołu na pozycji defensywnego pomocnika. Nie odniósł jednak z Jaguares większych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. Rozgrywki 2004/2005 spędził na rocznym wypożyczeniu w Puebli, gdzie wystąpił w 28 ligowych meczach, ani razu nie wpisując się na listę strzelców. Podczas gry w Jaguares zdobył natomiast 10 goli w 146 ligowych spotkaniach.
Wiosną 2008 Ayala po raz drugi w karierze podpisał umowę z klubem Puebla FC. Po pół roku na zasadzie wypożyczenia zasilił drugoligowy Club León, którego barwy reprezentował przez sześć miesięcy. Latem 2011 Puebla ponownie wypożyczyła Ayalę, tym razem do drużyny wicemistrza Meksyku, Monarcas Morelia.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1995/1996 Tigres UANL Primera División 1 0 1996/1997 Tigres UANL Liga de Ascenso ? ?