Swoje ponowne rządy rozpoczął od wydania nakazu wygnania pastora luterańskiego ze swoich włości, co związane było z akcją rekatolicyzacyjną.
12 czerwca 1624 roku hrabia kłodzki Karol Habsburg nadał Johannowi Arbogastowi w lenno dobra w Gorzanowie (Arnsdorf), które zostały skonfiskowane Heinrichowi von Ratschin (Raczin), z powodu jego udziału w rebelii antyhabsburskiej. Wkrótce cesarz Ferdynand II przekształcił to lenno w dobra dziedziczne. W 1625 roku po śmierci pierwszej żony, Juliany von Damnitz, Johann Arbogast ożenił się z Marjaną von Mettich, która zmarła 8 maja 1630 roku. Niedługo potem zawarł ostatnie małżeństwo z Barbarą Kathariną z domu Trauttmansdorff.
Po zdławieniu powstania czeskiego w hrabstwie kłodzkim powierzono mu funkcję komendanta głównego Kłodzka, a w lutym 1633 roku obowiązki starosty hrabstwa kłodzkiego. 26 lutego 1636 roku w uznaniu za swoje zasługi otrzymał godność Hrabiego Rzeszy (Reichsgraf). Zmarł w Kłodzku w 1645 roku i został pochowany w miejscowym kościele parafialnym.