.
Prawobrzeżnymi dopływami Dunaju na terytorium Niemiec są rzeki Iller, która wpada do niego w Neu-Ulm, Lech z ujściem koło Marxheim, na wschód od Donauwörth, Izara koło Deggendorfu oraz Inn w Pasawie.
Lewobrzeżnymi dopływami są natomiast rzeki Wörnitz uchodząca za Donauwörth, Altmühl za Kelheim, Naab oraz Regen koło Ratyzbony. Niemieckie prawe dopływy są większymi rzekami niż lewe – największy lewy dopływ Naab przynosi tylko 40 m³/s, czyli tyle, ile najmniejszy z wymienionych prawych, Iller. Do Dunaju uchodzą także liczne mniejsze rzeki, jak choćby , Roth, Lauter, Blau, Günz, Brenz, Mindel, Zusam, Schmutter, Paar, Abens, Große Laber, Vils, Ilz, Erlau czy Ranna.
thumb|Spotkanie Innu, Dunaju i Ilz w Pasawie
W Pasawie do Dunaju uchodzi najpierw rzeka Ilz, a zaraz potem Inn. Spływające z Alp wody Innu są zielone, wody Dunaju błękitne, a płynące z terenów bagnistych wody Ilz czarne, tak więc przez pewien odcinek rzeki wody zawierają trzy kolory: zielony, błękitny oraz czarny. Dzięki zielonym wodom Innu za Pasawą zmienia się barwa wód Dunaju. Oprócz bardzo dużych ilości wprowadzanych wód Innu ważna jest także różnica głębokości pomiędzy tymi dwiema rzekami (Inn: 1,9 metra, Dunaj: 6,8 metra).