16 grudnia 1701, ponad rok po śmierci patriarchy Adriana, Piotr I wyznaczył metropolitę Stefana na locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego, nie pozwalając na wybory patriarchy. Motywacją dla wyznaczenia na ten urząd metropolity riazańskiego było wykształcenie w zachodnich szkołach, jakie uzyskał on w odróżnieniu od duchownych rosyjskich. Metropolita Stefan w pełni popierał politykę cara, chwaląc w swoich tekstach jego wyprawy wojenne. Zgodnie z jego życzeniem dokonał szeregu chirotonii biskupich wykształconych poza Rosją duchownych, zreformował Moskiewską Akademię Duchowną w duchu zachodnim. Starał się jednak przeciwdziałać reformom ustroju Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i wprowadzaniu doń rozwiązań naśladujących te funkcjonujące w Kościołach protestanckich. W rezultacie stopniowo tracił zaufanie Piotra I. Nie czując się na siłach, by otwarcie sprzeciwić się władcy, metropolita wielokrotnie prosił o zwolnienie z funkcji i zgodę na odejście w stan spoczynku, car jednak nie dopuszczał do tego. W ostatnich latach życia Stefan (Jaworski) w zarządzaniu Cerkwią wykonywał jedynie polecenia Piotra I, na jego życzenie opuścił Riazań i zamieszkał w Petersburgu, oddając faktyczny zarząd swojej eparchii w ręce biskupa krutickiego. O nominacjach i chirotoniach biskupich decydował Piotr I, zmuszając m.in.