W skamieniałościach zachowuje się sfosylizowana osłonka syfonu i jego wypełnienie, całość jest popularnie, choć niezbyt prawidłowo, zwana również syfonem. W ujściu muszli amonitowatych znajdowały się kalcytowe płytki aptychy i anaptychy pełniące funkcję dolnej szczęki, a u niektórych rodzajów dodatkowo także wieczka zamykającego wejście do muszli. Przegrody międzykomorowe w trakcie ewolucji amonitowatych miały tendencję do coraz większego pofałdowania. Przyczyna tego jest wciąż dyskutowana, ale przeważnie wyjaśnia się to zwiększoną odpornością silnie pofałdowanych przegród na naprężenia. Linia kontaktu przegrody z wewnętrzną ścianą muszli jest zwana linią przegrodową lub lobową, a jej kształt stanowi jeden z podstawowych elementów klasyfikacji amonitowatych, obok kształtu muszli i jej ornamentacji. Część muszli amonitowatych była gładka, jednak większość posiadała żebra przebiegające w poprzek skrętu oraz guzki na bocznej stronie skrętu. U nielicznych rodzajów guzki te przekształcały się w pokaźne kolce.