Czasy rozbiorów thumb|Poewangelicki kościół Świętego Józefa thumb|Nieistniejący już ratusz drewniany w Opalenicy (XIX w.) W 1793 roku w wyniku II rozbioru Polski Opalenica znalazła się pod zaborem pruskim. W 1800 roku miasto liczyło 775 mieszkańców. Po zwycięskim dla Polaków drugim powstaniu wielkopolskim jakie odbyło się w 1806 roku miasto w latach 1807–1815 znalazło się w departamencie poznańskim w granicach Księstwa Warszawskiego. W 1810 roku liczba mieszkańców wzrosła do 847 mieszkających w 139 domach.
Od 1815 roku decyzją kongresu wiedeńskiego dokonano podziału Księstwa Warszawskiego i Wielkopolska ponownie weszła w skład Królestwa Prus jako Wielkie Księstwo Poznańskie, a później Prowincja Poznańska. W 1816 roku miasto liczyło 828 osób. Zamek Opalińskich, który popadł w ruinę, na polecenie władz pruskich został rozebrany, a fosa zasypana gruzem. W ramach polityki germanizacyjnej w epoce Kulturkampfu władze niemieckie wybudowały szkołę ewangelicką i zbór, aby w ten sposób przyciągnąć tu kolonistów niemieckich. Nazwą miasta w tym okresie była Opalenitz. Bardziej polsko brzmiąca nazwa (używana przez Polaków oraz w niektórych źródłach) to Opalenitza.