Budowę obecnej świątyni datuje się na lata 1215–1247. W pierwszej kolejności wzniesiono wschodnią część – kryptę a później prezbiterium, które ukończono w 1226, a w następnej kolejności przebudowano korpus nawowy na zrębie dawnego kościoła, zgodnie z tradycją romanizmu, choć dwa lata później rozpoczęto budowę pobliskiej gotyckiej katedry. Do 1261 wznoszono zachodni transept z wieżą pośrodku, zaś w 1270 ukończono pracę nad budową kaplicy chrzcielnej po południowej stronie świątyni. W 1247 kościół otrzymał godność kolegiaty. Ponadto ówczesny arcybiskup Konrad von Hochstaden nadał kościołowi przywilej do nadawania odpustów dla duchowieństwa i wysokich w randze mieszczan kolońskich.
W 1376 w wyniku pożaru kościół uległ znacznym zniszczeniom. Podczas trwającej do początku XV w. odbudowy kościoła nadano górnym partiom formy gotyckie (m.in. wieże i sklepienia). 12 kwietnia 1666 uderzenie pioruna spowodowało pożar dachów i częściowo wnętrza. W rezultacie w ramach odbudowy powstał nowy, barokowy wystrój wnętrza, w tym datowany na rok 1730 ołtarz główny.