Po reorganizacji WCzK i włączeniu jej do struktur istniejącego już od końca października 1917 roku Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych Rosyjskiej Socjalistycznej Federacyjnej Republiki Radzieckiej (NKWD RFSRR) jako Państwowy Zarząd Polityczny przy Ludowym Komisariacie Spraw Wewnętrznych Rosyjskiej Federacyjnej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej (GPU NKWD RFSRR, GPU). Feliks Dzierżyński był wówczas Komisarzem Spraw Wewnętrznych i Przewodniczącym GPU. W listopadzie 1923 roku, Państwowy Zarząd Polityczny (GPU) wyodrębniono ze struktur NKWD RFSRR i na jego bazie powołano Zjednoczony Państwowy Zarząd Polityczny (OGPU) bardzo poszerzając wpływy owego organu i podporządkowano Radzie Komisarzy Ludowych już ZSRR.
Dzierżyński kierował tą instytucją aż do śmierci w 1926 roku. Oprócz centralnego organu WCzK, istniały terenowe komisje nadzwyczajne CzK.
thumb|280px|Kierownictwo WCzK (od lewej): Jēkabs Peterss, Józef Unszlicht, Abram Bieleńkij, Feliks Dzierżyński i Wiaczesław Mienżynski, 1921
Kierowniczym organem Czeki było Kolegium Komisji zatwierdzone pod koniec lipca 1920 roku.