Ripley w efekcie ubocznym klonowania otrzymuje pewne cechy Obcego (nadludzka siła, odporność, żrąca krew).
Do statku – USM Auriga, na którym przeprowadzane są te eksperymenty, cumuje jednostka z załogą złożoną z przemytników. Handlarze sprzedają wojskowym ludzi, którzy stają się potem inkubatorami dla obcych (mają zostać wykorzystani do rozmnażania obcych). Udaje się wyhodować dorosłe osobniki. Obcym udaje się uwolnić z klatek, zabijając część załogi, zdecydowana większość ewakuuje się, a sam statek przyjmuje awaryjny kurs na Ziemię.
Na pokładzie pozostaje tylko załoga statku przemytniczego oraz kilka osób z personelu wraz z Ripley. W trakcie walk z obcymi okazuje się, że jedna z ocalałych – Call – jest androidem, której celem było zapobieżenie odtworzeniu rasy Obcego poprzez zabicie Ripley. W celu ratowania ludzkości przed plagą Obcych uciekinierzy zmieniają kurs USM Auriga tak, aby rozbił się na niezamieszkałym obszarze. W trakcie powrotu na pokład przemytniczej jednostki giną kolejni członkowie załogi, a Ripley dostaje się do gniazda ksenomorfów, gdzie jest świadkiem narodzin nowego Obcego, hybrydy posiadającej cechy obu ras, nowy Obcy zabija królową, Ripley ucieka dołączając do ocalonych na statku przemytników. Obcy dostaje się na pokład uciekającego okrętu, gdzie po krótkiej walce ostatecznie zostaje zabity przez Ripley.