Nowe państwo nie przetrwało jednak nawet pół roku – 15 marca 1939 III Rzesza przekształciła Bohemię i Morawy w Protektorat Czech i Moraw, na terenie Słowacji niepodległość proklamowała prohitlerowska Republika Słowacka, a na Zakarpaciu powstała efemeryczna Karpato-Ukraina.
Po II wojnie światowej, w 1945 roku, powrócono do formy jednego czesko-słowackiego państwa poprzez powołanie Trzeciej Republiki Czechosłowackiej. W 1948 roku w wyniku praskiego zamachu stanu władzę ostatecznie przejęli komuniści, a ze stanowiska dotychczasowego prezydenta zrezygnował Beneš, co symbolicznie zakończyło okres III republiki. W 1960 roku władze czechosłowackie oktrojowały nową konstytucję, która oficjalnie przekształcała Republikę Czechosłowacką w kraj komunistyczny, dodając do nazwy państwa człon Socjalistyczna. Okres stalinowski zakończył się w Czechosłowacji w roku 1960. Rozpoczęła się delikatna odwilż, którą zakończyła Praska Wiosna. Reformy z tego okresu spowodowały interwencję wojsk Układu Warszawskiego w roku 1968 i przywrócenie do władzy tzw. „twardogłowych”. Jedyną niewycofaną zdobyczą okresu praskiej wiosny była reforma administracyjna, która dzieliła kraj na dwie republiki – Czeską Republikę Socjalistyczną oraz Słowacką Republikę Socjalistyczną.