Konflikt miał też podłoże etniczne na linii Tutsi - Hutu.
W związku z tym 30 grudnia 2006 powołał organizację Narodowy Kongres na rzecz Obrony Ludu, która zrzeszała zbuntowanych żołnierzy i ochotników do walki z rządem. W 2007 pod dowództwem Nkundy było 8-8,5 tys. milicjantów. Oficjalnym celem organizacji była obrona kongijskich Tutsich przed atakami bojówek Hutu. W rzeczywistości partyzanci grabili, mordowali i gwałcili z podobnym upodobaniem, jak ich przeciwnicy - i to nawet własnych pobratymców. Rekrutowali też do swych oddziałów dzieci i przemycali za granicę, głównie do Rwandy, diamenty, koltan oraz inne bogactwa wschodniego Konga. Po walkach z 2007, podczas których rebelianci nie osiągali zamierzonych celów, w obliczu coraz częstszych strat na przełomie 2007 i 2008 doszło do negocjacji pokojowych, w wyniku których 23 stycznia 2008 osiągnięto porozumienie pokojowe.
Jednakże w październiku 2008 Nkunda wznowił swoją rebelię. Przyczyną powtórnego buntu były działania rwandyjskich bojówek Demokratycznych Sił Wyzwolenia Rwandy (FDLR), których członkowie to byli żołnierze rwandyjskiej armii oraz członkowie paramilitarnych bojówek Interahamwe, odpowiedzialni za ludobójstwo dokonane w Rwandzie.