Flota duńska była silniejsza od pruskiej i prowadziła podczas wojny blokadę morską wybrzeża państw niemieckich, lecz nie była w stanie zapobiec desantom pruskim. Dania odniosła wprawdzie taktyczne zwycięstwa nad eskadrą pruską w potyczce u przylądka Jasmund oraz nad eskadrą austriacko-pruską w bitwie pod Helgolandem, ale nie miały one wpływu na przebieg wojny, a Austria sprowadziła następnie dalsze okręty, uzyskując przewagę na morzu. Po przegranej na lądzie wojnie Dania straciła znaczną część terytorium i ludności i była już niezdolna do utrzymywania silnej ani licznej marynarki, skupiając się na obronie wybrzeża.
Do początku lat 70. XIX wieku wcielono z większych jednostek dwie dalsze fregaty pancerne, dwa monitory i okręt pancerny („Odin”). Wodowany następnie w 1878 roku pancernik obrony wybrzeża „Helgoland” stał się największym okrętem w całej Skandynawii. Od lat 80. do początku XX wieku wprowadzano do służby kolejne nowe okręty, w tym pięć mniejszych pancerników przybrzeżnych, cztery małe krążowniki pancernopokładowe, jeden torpedowiec taranowy („Tordenskjold”) i ponad 20 torpedowców. Wyjątkiem wśród okrętów służących głównie do działań przybrzeżnych był nieopancerzony krążownik „Fyen” zbudowany dla potrzeb służby w koloniach na Wyspach Dziewiczych.